شورای عالی علوم، تحقيقات و فناوري در جهت ارتقای کیفیت سیاستگذاری در زمینه های مختلف علوم، تحقیقات و فناوری و راهبری توسعه فناوری های دارای اولویت ملی، اقدام به تشكيل كميسيونهاي دوازده گانه نموده است. از مهمترين وظايف اين كميسيون ها مي توان به اولويت بندي و پیشنهاد اجرای طرح هاي اجرائي بلندمدت سرمايه گذاري كلان در بخش هاي آموزشي، پژوهشي و فناوري و همچنين بررسي و پيشنهاد منابع مالي مورد نياز در حوزه هاي علوم، تحقيقات و فناوري اشاره كرد.