بر اساس ماده 9 آئین‌نامه داخلی شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری دبیرکل این شورای عالی به پیشنهاد وزیر علوم، تحقیقات و فناوری و با حکم رئیس محترم جمهور برای مدت چهار سال منصوب می‌شود. دبیرکل شورای عالی وظایف زیر را بر عهده دارد:

• مدیریت امور مربوط به تشکیل جلسات شورای عالی، کمیسیون دائمی و تشکیلات دبیرخانه‌ای وابسته به شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری؛

• ریاست دبیرخانه شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری؛

• تشخیص و تسجیل بودجه سالانه شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری؛

• انعقاد قراردادهای مطالعاتی، پژوهشی، خدماتی و مبادله موافقت‌نامه‌های بودجه در موضوع‌های مرتبط با شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری؛

• تهیه گزارش‌های موردنیاز شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری؛

• انجام سایر اموری که از طرف شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری محول می‌شود.